副本是核心内容之一，主要分为名将副本、主线副本、精英副本、日常副本四大类。名将副本作为福利型玩法，首次通关可获200元宝及大量将魂、神魂，后期是获取这些资源的重要途径，建议优先挑战。史诗战役作为名将副本的衍生玩法，产出三国志残卷，用于武将升阶，需注意BOSS为全体AOE攻击，需搭配续航或单体爆发武将应对。主线副本以剧情推进为主，产出武将碎片、突破石等基础资源，怪物可被控制，是元宝获取的主要渠道之一。精英副本难度较高，侧重觉醒丹等稀有道具，需注意每日三次的精英入侵刷新机制，建议根据战力选择性挑战。日常副本则涵盖银两、经验等基础资源，需每日打满以最大化收益。
主线副本与精英副本在玩法设计上形成互补。主线副本侧重线性叙事与资源积累，玩家可通过章节推进解锁新内容，同时为名将副本提供开启条件。精英副本则强调策略性，怪物不可控制且攻高血少，需合理搭配阵容，例如利用无敌前排吸引火力。两类副本均受体力限制，需根据资源需求规划挑战顺序。主线副本第八章后解锁的名将副本与主线进度挂钩，而精英副本通关星数影响精英入侵的难度与奖励，需权衡战力与收益。
日常副本作为资源补充模块，分为银两、经验、天命石等专项挑战，部分需VIP等级解锁。这类副本设计为自动化流程，玩家可通过挂机功能高效完成，但需注意选择奖励最优的关卡。枭雄副本、新兵副本等限时活动副本则提供额外奖励，需关注开放时间。组队副本强调社交协作，通过合理分工可提升效率，例如集中火力攻击或分散防守，建议在双倍奖励时段参与以最大化收益。
高阶副本如冰原异兽等资料片新增内容，融合了小队协作与动态机制，需躲避BOSS技能范围并配合阵容输出。此类副本通常产出暗金宝物、魂引等顶级资源，是后期战力提升的关键。布阵系统在副本中尤为重要，需根据兵种特性调整站位，例如步兵前置、弓手后排，骑兵灵活机动。玩家需持续优化武将培养、装备强化与技能搭配，以应对不同副本的机制需求。
少年三国志的副本体系通过差异化设计满足各阶段玩家需求，从基础资源到稀有道具均有明确获取路径。合理规划挑战顺序、关注限时活动、优化阵容搭配是高效通关的核心策略。
