隐藏道具的分布贯穿整个游戏地图，从初始城镇到后期岛屿均有涉及。这些道具包括提升能力的药品、技能机器以及特殊进化石等，需使用探测器或特定互动方式获取。西罗夫公司社长室门口的盆景中间藏有精神片，常被玩家忽略；华蓝市某间带有后花园的房屋内也存在可拾取道具。部分隐藏道具需通过推动岩石、砍树或冲浪等秘传技能解锁，例如火烈山山洞内的红宝石需击败火箭队成员后取得。
双子岛收服急冻鸟时，需按特定顺序推动岩石堵住瀑布（上→右→下→左），错误操作将导致无法继续前进。浅红市野生原野区内埋藏多个隐藏道具，需结合探测器反复扫描地面。彩虹市游戏厅海报后的火箭队秘密基地内，击败地下四楼喽啰可拾取电梯钥匙，该区域还分布着战斗增强剂。希鲁夫公司各楼层角落存在隐藏道具，需与办公桌、花盆等场景元素互动。
二周目新增岛屿区域隐藏道具更为密集。三之岛树果森林需用居合斩清除障碍后获取树果；五之岛灯火山收服火焰鸟时，岩石地带藏有火之石。七之岛遗迹与无人发电所内分布着电气球等电系专属道具，华蓝洞窟深处收服超梦前可拾取精神草。各岛屿航道的水域中使用冲浪技能，有一定概率发现海底隐藏道具，但需注意部分区域存在漩涡阻碍。
隐藏道具的收集对游戏进程具有实质性帮助。金黄市格斗道馆附近武术家传授的百万吨拳击与飞腿属于特殊技能，紫苑镇灵塔解救富士老人后获得的宝可梦笛子可唤醒卡比兽。游戏厅代币盒需与秃顶男子对话获取，此为进入火箭队基地的必要道具。部分道具如伊布需通过彩虹市大楼后门进入顶层房间取得，该设定与主线剧情无直接关联但影响精灵收集完整性。
探测器是寻找隐藏道具的核心工具，其使用时机与范围判定需精确掌握。常磐森林右侧小径、月见山化石选择区域、红莲岛宝可梦大宅书架间均需频繁使用探测器扫描。冠军之路的隐藏道具集中在推石解谜区域，包括提升属性的药剂与技能机。建议在获得冲浪、闪光等秘传技能后系统性地回溯早期地图，特别是岩山隧道与双子岛等复杂地形区域。
隐藏道具的完整收集需要结合剧情推进与技能解锁。枯叶市圣安奴号船舱内隐藏着高级伤药，需在船离港前完成搜索；四天王挑战前的宝可梦联盟休息区分布着全复药。二周目新增的火箭队仓库内，击败守卫后可取得金属外套等进化道具。游戏设计者将40%的隐藏道具设置在非必要路径上，建议玩家保持探索习惯并与每个场景元素互动。
